Если сотрудник работает на окладной системе, то фиксируется только неотработанное время (документами "Невыходы", "Больничный лист", "Отпуск" и т.д.), если на табельной - отработанное (Документ "Табель отработанного времени").
Если нужно фиксировать отработанное время у всех сотрудников, тогда нужно:
1) всех сотрудников принять на табельную систему;
2) вводить документы "Табель отработанного времени".