В конфигурациях "1С:Зарплата+Кадры" и в Комплексной конфигурации выплату зарплаты с погашением всех долгов можно проводить только один раз в месяц. Кроме того, ведомость с погашением всех долгов должна быть последней в месяце. То есть будет некорректно сделать сначала выплату зарплаты с погашением всех долгов, допустим для выплаты начального сальдо, не рассчитывая зарплату за текущий месяц, а затем рассчитать зарплату за месяц и сделать обычную выплату зарплаты. При этом не важно, делается ли эта выплата в январе за январь или в феврале за январь.
Таким образом, если вы проводите выплату зарплаты с погашением всех долгов, предполагается что зарплата выплачивается полностью и следующая выплата ожидается уже за следующий месяц.